“USO DEL SOFTWARE GENEIOUS (VERSIÓN 5.6.7) EN EL DISEÑO DE ¨PRIMERS¨ PARA LA DETECCIÓN DEL VIBRIO PARAHAEMOLYTICUS CAUSANTE DE ENFERMEDAD DE NECROSIS HEPATOPANCREATICA AGUDA EN EL CAMARÓN”
Fecha
2016-04
Autores
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Editor
Universidad de Guayaquil. Dirección de Posgrado. Maestria en Biotecnología con Mención en Biologia Molecular
Resumen
La industria camaronera es una de las más importantes en el sector alimentario, además que constituye una de los principales eslabones económicos en Ecuador en términos de ingreso de divisas por exportaciones.
La Enfermedad de Necrosis Hepatopancreática Aguda (ANPHD) en el camarón constituye una enfermedad emergente con elevada mortalidad para este organismo debido a la producción de toxinas (ToxA y ToxB) responsable del proceso infeccioso. Esta se ha convertido en un verdadero problema en la acuicultura.
Las investigaciones de esta enfermedad en los cultivos de camarones requieren la realización de una prueba diagnóstica denominada Reacción en cadena de la polimerasa (PCR) y uno de los componentes de esta son los ¨primer¨s o iniciadores Por tal motivo, se decide hacer la presente investigación que tiene como objetivo fundamental desarrollar un set de ¨primer¨ para la amplificación de los genes ToxA y ToxB en bacterias pertenecientes a Vibrio parahaemolyticus. Se realizó un estudio exploratorio experimental en el cual a partir de herramientas digitales o softwares específicos como el Geneious (versión 5.6.7) se diseñaron los juegos de iniciadores específicos para la región consenso, determinada igualmente a través de este programa. Además, se emplea la calculadora de propiedades de oligonucleótido (OligoCalc) y BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) para evaluar los ¨primers¨ en cuanto a características físico-químicas así como de especificidad y sensibilidad respectivamente.
Luego de diseñar y evaluar todos los posibles iniciadores finalmente se escogen los mejores 4 set de ¨primers¨ con las mejores propiedades tanto para la secuencia de ToxA como ToxB y se desechan los defectuosos. Se recomienda fundamentalmente probar en estudios o investigaciones posteriores estos iniciadores con muestras controles que permitan verificar la amplificación del fragmento deseado.
Descripción
Palabras clave
Vibrio parahaemolyticus, AHPND, Diagnóstico, Variabilidad Genética
Citación
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